La Federació de Municipis de Catalunya, de conformitat amb els seus objectius estatutaris en defensa de l'autonomia local, promou la coordinació amb les diferents institucions del govern de la Generalitat. Altrament, desplega la seva acció en termes de col·laboració amb el conjunt d'ens i organismes l'activitat dels quals incideix en el marc propi dels governs locals de Catalunya.

És destacable la participació de l'FMC a les diferents comissions mixtes, òrgans de participació i de col·laboració amb el conjunt d'administracions del nostre sistema públic però, sobretot, amb els departaments del govern de la Generalitat de Catalunya.

Els representants de l'FMC participen així en aquesta xarxa institucional per defensar un marc adequat per a l'activitat de les entitats locals i promoure els valors de pluralitat, autonomia i responsabilitat dels governs i les administracions locals.

Aquests òrgans representatius impliquen que l’FMC participa en un nombre important de reunions anualment, espais en els quals els nostres representants -amb el diàleg i el màxim consens en les negociacions- traslladen la veu de les reivindicacions del món local i, alhora, es defineix el posicionament de la nostra entitat. 

Destaquen la Comissió de Govern Local de Catalunya creada per la Llei Municipal i de Règim Local com a òrgan permanent de col·laboració entre l’Administració de la Generalitat i les administracions locals; la Comissió de Cooperació Local de Catalunya, creada pel Decret legislatiu 2/2003, pel qual s'aprova el Text Refós de la llei municipal i de règim local de Catalunya i regulada actualment en el Decret 377/2011 i la Comissió de Delimitació Territorial de Catalunya, regulada pel Decret 303/2011 i concordants d'aplicació.