El terme està format pels antics municipis d'Urtx ( 15, 12 km2 ) i de Queixans ( 13,52 km2), fusionats el 1969 i anomenant-se Fontanals de Cerdanya per tal que no prevalgués cap topònim dels antics respecte els altres. Del primer, provenen els pobles o nuclis d'Urtx, El Vilar d'Urtx (capital del municipi actualment), Escadarcs, Estoll, Soriguerola, el mas de l'Escloper, el mas de Santes Creus, i el mas de Soriguera; del segon, els de Queixans, Les Pereres, el mas Montagut, el molí de l'Anglés i el mas d'Amunt.

Una situació privilegiada

Fontanals és a la banda més riallera de la Cerdanya , que com diu Josep Pla produeix una sensació d'amplària, d'elevació, de lluminositat, de llibertat . Aquesta sensació és encara més acusada a Fontanals, ja des de la seva situació privilegiada es pot gaudir d'una bellíssima perspectiva de la comarca.
Amb una superfície de 28,64 km2, el seu espai geogràfic s'estén per les dues vessants del tossal Rodó (1.751 m) i de les Roques Altes (1.776 m) d'on es domina la vall d'Alp fins al barranc de Saltéguet, fins a la riba del riu Segre, a tramuntana.

Els diversos torrents que reguen el territori baixen paral.lels en una mateixa direcció. Són, d'est a oest, el de les Pereres, dels Mas d'Amunt, de Queixans o de la Malúria i de les Deveses o d'Urtx, a més de la riera del Vilar d'Urtx. També integra el riu d'Alp en el seu curs baix, tot penetrant pel pla d'Estoll i afluint al Segre a l'altura de Soriguerola. Aquí el municipi limita amb Bolvir i, a més, a llevant, prop del mas Morer i del Molí de l'Anglés, on segueix de prop el torrent de la Llavanera, el terme confronta amb el de Puigcerdà. Travessant d'est a oest, els serrats de Montagut i les Pereres i pel de l'Orri i el camí del Pla de les Forques a la pleta dels Anyells, limita amb Vilallobent, Puigcerdà.

Per ponent termeneja amb Ger i Das en el pla, i amb Alp a la part muntanyosa (les Espalloses i el torrent del pla de les Forques). A més, el terme el formen la Serra de Queixans, el serrat de Cuiràs i el de les Llançanes.

La carretera N-152 que ve de Ribes de Freser voreja el termenal de ponent i travessa el Segre vers Puigcerdà, a prop de Queixans, i comunica també amb la xarxa d'accés del tunel del Cadí. Urtx i Queixans tenen sengles estacions de ferrocarril de la línia Barcelona- Puigcerdà- la Tour de Querol. Hi ha una carretera secundària que uneix el Vilar amb Urtx, i una segona que va fins al Pont del Soler, lloc de pas de l'antic camí d'Alp a Puigcerdà i possible via romana que menava a Llívia. L'Aerodrom de la Cerdanya es troba, en part, sota la jurisdicció de Fontanals.